افتتح المركز، يوم 23 شباط/فبراير من عام 2016، في القاعدة الجوية الروسية حميميم في اللاذقية. تكمن مهام المركز في التوصل إلى اتفاق مع الجماعات المسلحة غير الشرعية ومناطق سكنية متفرقة على وقف الأعمال القتالية على الأراضي السورية ورصد الوضع الإنساني وتنظيم مرافقة المساعدات الإنسانية. وافتتح فرع لمركز المصالحة في دير الزور المحررة من الإرهابيين، في تشرين الثاني/نوفمبر من عام 2017